Akşemseddin, bilim'de ve tasavvufta olduğu gibi, tıp ve eczacılık alanında da büyük bir üne sahipti. Fakat kaynaklarda Akşemseddin'in tıp ilmini kimden ve nasıl öğrendiğine dair net bir bilgi yoktur. Bununla alâkalı İskoç oryantalist Elias John Gibb, History of Ottoman Poetry adlı eserinde, Akşemseddin'in tıp alanındaki ilmini, Hacı Bayram Veli ile beraber olduğu yıllarda elde ettiğini kaydetmekte ve kendisinden âlim ve mübarek bir kimse diye söz etmektedir. Sadece beden hastalıkların değil, aynı zamandan ruh hastalıklarının da hekimi olan Akşemseddin, ruh hastalıklarını da tedâvi ederdi.
Akşemseddin, Antonie van Leeuwenhoek'in yaklaşık iki asır sonra deneyle keşfettiği mikrobu, Maddetü'l-Hayat adlı eserinde yıllar öncesinde dile getirdi:
“ Hastalıkların insanlarda teker teker ortaya çıktığını sanmak hatadır. Hastalık, insandan insana bulaşmak suretiyle geçer. Bu bulaşma, gözle görülmeyecek kadar küçük, fakat canlı tohumlar vasıtasıyla olur.
