Bilim yöntemi; insan düşüncesinin, doğayı, toplumu, toplumlar arası ilişki ve çelişkileri bilmek, kavramak bakımından geliştirdiği en önemli bir düşünce yöntemidir. Fakat bilgi edinmede kullanılan en geçerli ve en sağlam yöntemdir.
Bilim, ideoloji, resmi ideoloji, düşün yasakları, siyasal sistem, siyasal rejim, düşün özgürlüğü, ifade özgürlüğü, akademik özgürlük vb. kavramların, bu kavramlar arasındaki ilişkilerin irdelenmesi önemlidir. Bilim denildiği zaman bütün bu kavramların, ilişkilerin, açıklığa kavuşturulması gereklidir.
Bilim yönteminde, olguları görmemek, inkâr etmek, çarpıtmak, niyet, siyaset ve ideolojilere uyarlamak etik ve mümkün değildir.
“Bilim” kavramı, son yıllarda çok örselenmiş bir kavramdır. Gerekli-gereksiz her yerde kullanılmaktadır. Özellikle siyaset adamları, bu kavramı olur-olmaz yerlerde kullanarak çok örselemektedirler. Bu süreç bilim kavramının içeriğini boşaltmaktadır. Üniversite mensupları, basın mensupları da; ifade özgürlüğüne, düşün yasaklarına hiç dikkat çekmeden, ‘akademik özgürlük’ kavramına vurgu yapmaktadır.
Tarihte bilim insanı, bilim ettiği açısından, bilim yönteminden taviz veremez. Şiddet, baskı, devlet terörü ya da toplumsal – siyasal baskılar karşısında, bilim yönteminin dışına çıktığı ya da sustuğu anda ve oranda, bilim insanı olmaktan o derece uzaklaşmış olur. Bu açıdan İsmail Beşikci, bilim ettiğine sadık kaldığı ve tüm baskılar karşısında savunduklarından geri adım atmadığı için, yaşamının 17 yılını aşkın kesitini zindanlarda geçirmiştir. Tarihte fizikçi Galileo bile baskılar karşısında geri adım atmıştır, ama İsmail Beşikci geri adım atmamıştır. Bilim insanının onuru, vicdanı ve etiğini can bedeli korumuş, sahip çıkmış, dünyada örnek insan olmuş ve saygınlık uyandırmıştır.
