Sünni İslam inancına sahip olan ve Sünni din adamları ve tasavvuf ehliyle daima iyi ilişkiler içerisinde bulunan Timur, saltanatı boyunca güç kullanmak suretiyle Şii akımların geniş çaplı bir harekete dönüşmesine izin vermemiştir.
Ebu Said'den sonra gelen sultanların hemen hemen tamamı, Hüseyin Baykara hariç, Nakşibendiliğin etkisi altında kalmıştır. Yönetsel ve siyasi kararların pek çoğunda Nakşibendi tarikatının etkili olduğu bilinmektedir. Tarikatın sultanlar üzerindeki bu etkisi, devletin dağılmasını ve parçalanmasını hızlandırmıştı.
Machiavelli, 14. yüzyılda yaşamış bir siyaset bilimci olsaydı ünlü kitabı Prens'i kesinlikle Timur'u gözlemledikten sonra yazardı. Timur, Machiavelli'nin ideal prens tipine kesinlikle uymaktadır. Timur'un dini siyasi bir araç olarak kullanma şekli, Machiavelli'nin Prens'ini çağrıştırmaktadır. Machiavelli'ye göre en önemli ve temel amaç devleti yaşatmak ve gücünü devamlı olarak arttırmaktır. Bu amacı gerçekleştirmek için kullanılacak her araç yasaldır. Din, ahlak ve hukuk devlete bağlıdır. Amacı gerçekleştirmek için gerektiğinde devlet bunları alet olarak kullanmalıdır. Timur, devletini kurarken ve otoritesini tesis ederken dini bir araç olarak kullanmıştır.
Pirim Ebu Bekir Taybadi bana yazmıştır ki: "Ey muzaffer Timur! Devlet işlerinde şu üç şeyi ihmal etme: Birincisi istişare, ikincisi sabır, üçüncüsü sağlam ve uyanıklıkla iş yapma. Çünkü istişaresiz giden saltanat yolu yanlış, sonu pişmanlık olur. Saltanat işlerini yürütürken hiçbir şeyi istişaresiz yapma ki, pişmanlık duymayasın. Şunu da bilmen gerekir ki, saltanat işlerinin tamı tamına yarısı bu yolda karşılaşacağın her türlü zorluğa sebat ve sabır göstererek sabretmektir. İkinci yarısıysa bazı şeyleri bilip bilmezlikten, görüp görmezlikten gelmektir. Kısacası, her işte sebat ve sabır göstererek uyanık olup, bahadırlık yaparsan, bütün işleri başarabilirsin. Vesselam."
Burada yazılmış olan sözler, saltanat işlerinde benim için en doğru kılavuz oldu. Buna uyarak siyaset işlerinin dokuz kısmını istişareyle yürütüp sadece bir kısmını kılıca bıraktım. Geçmişteki bilginler demişlerdir ki: " Yerli yerinde yapılan bir işle yenilmez ordu yenilir, alınmaz şehir alınır." Benim tecrübemle sabittir ki, iş gören, uyanık, sezgileri kuvvetli bahadır bir kişi böyle olmayan bin kişiden elbette daha iyidir.