1999’dan sonra Fethullah Gülen’e gösterilen teveccüh tersine dönmüş ve hem merkez medyaya hem de devlet kurumlarında Cemaat karşıtı bir hava hâkim olmuştu. 1999 yılının Haziran ayında Gülen’in vaazlarından derlenen konuşmalar medyaya servis edilerek, Cemaat’in “ılımlı İslami görüşlerinin” takiyye olduğu ve “bürokraside kadrolaşarak devleti ele geçirmeye çalıştığı” vurgulanmaya başladı.
Daha öncesinde Orgeneral Çevik Bir, askerî bir heyetle Bülent Ecevit’i ziyaret ederek Cemaat’in “Cumhuriyet rejimini hedef aldığını” anlatan bir brifing vermişti. Ecevit, askerî heyete “[o] sizin düşünceniz. Ben eskisi gibi düşünüyorum” diyerek karşılık vermişti.
Ecevit, Refah Partisi’ne karşı millî güvenlik eksenli bir refleksle devletin yanında yer alırken, Gülen Cemaati söz konusu olduğunda tam tersi bir tutum içinde oldu (Kınıklıoğlu, 2000: 10-11). Önce başbakan yardımcısı daha sonra ise başbakan olarak katıldığı MGK toplantılarında ne zaman Cemaat gündeme gelse hep aynı korumacı tavrı ortaya koydu (Sarıkaya, 29.03.1998; Hürriyet, 10.12.1999; Ergin, 03.03.2000).