Müslümanlık Sözleşmesi'ne sadece bireyler değil, Alevilerin çoğunluk olduğu Dersim gibi bölgeler de karşı çıkmıştı. Bu bölgenin halkı, sözleşmenin dışında olduğunu ve tutulduğunu tehcirde ve katliamlardan kaçan çok sayıda Ermeni'yi koruyarak gösterdi. Haziran 1915'de İçişleri Bakanlığı'nın Mamuretülaziz Valisi'ne gönderdiği telgrafta, binlerce Ermeni'nin Dersim'e kaçmasıyla ilgili olarak, talep edilmesi halinde Teşkilat-ı Mahsusa'nın Dersim üzerinde gerekli önlemleri alacağını söylemesi devletin Dersim dağlarını yakından izlediğini gösterir. Devletin Dersim'e yönelik Abdülhamid döneminden 1937-38'e, o günden de bugüne kadar süren güvensizliği kısmen bu devlet bilgisiyle ilgilidir.
Ermenileri bugünkü Suriye'nin çölümsü Zor bölgesine göç ettirmek başlı başına bir ölüm fermanıydı. Talat Paşa'nın, Rumların yaşadığı yerlere yerleştirilen Müslüman muhacirlerin neden Üsküdar'dan Basra'ya kadar olan boş arazilere yerleştirilmediğini soranlara 1914 Temmuz'unda verdiği cevap bunu çok iyi bidiğini gösterir:"Bu muhacirleri dedikleri gibi, oralara gönderip çöllere serpecek olsaydık oralarda cümlesi açlıktan öleceklerdi..." Yüzbinlerce Ermeni'nin başına gelen de bu oldu: Yollarda ve vardıkları çöllerde açlıktan, susuzluktan, hastalıktan öldüler. Yüz binlercesi de Teşkilat-ı Mahsusa'nın ve yerel güç odaklarının oluşturdukları çetelerce katledildiler.