Moderniteyi bilinmediğin arasında bir mücadele olarak resmetmek neredeyse bir adet haline geldi. Teoride bilimde din de hakikatle ilgilenir ama ikisi de farklı hakikatlere değer verdiklerinden çatışmaya mahkumdurlar.
O dönemin Paris ya da Londra'sı, üzerinden dini radikallik akan sadece hakim grupların barınabildiği topraklardı. Londra'da katolikler, Paris'te protestanlar öldürülürken Yahudiler şehirlerden sürülür, Müslümanlar ise şehirlere adım bile atamazdı. Yine de bilimsel devrim Kahire veya İstanbul yerine Londra ve Paris'te başladı.
1600'lerde Kahire'ye ya da İstanbul'a seyahat ettiğinizde çok kültürlü ve hoşgörülü metropollerle karşılaşırdınız. Sünniler, Şiiler, Ortodoks Hristiyanlar, Katolikler, Ermeniler, Kıptiler, Yahudiler hatta zaman zaman Hindular bile görece uyum içinde hep birlikte yaşarlardı.
Osmanlı imparatorluğu dini sebeplerle ayrımcılık yapsa ve aralarında kendilerince çatışmalar yaşansa da Avrupa ile karşılaştırıldığında özgürlüklerle dolu bir cennetti.