Şehzade Bayezid'in sancağını terk ederek harekete geçmesi artık açık bir biçimde isyanını ortaya koyuyordu. Kanunî Sultan Süleyman, Mustafa hadisesinden duyduğu üzüntüden dolayı bu kez karışıklığın önünü alabilmek için uzun süre gayret göstermiş fakat başarılı olamamıştı. Belki de bir baba olarak en zor kararlarından birini alarak bir kez daha oğlu hakkında Şeyhülislam Ebussuud Efendi'ye müracaat etmek zorunda kaldı.
"Bir sultan-ı âdilin oğullarından biri, itaattan ayrılıp etrafına asker toplayıp, belde ve kaleleri almak üzere asker sevkedip kıtâle mübaşeret eyleseler ve asla nasihat dinlemeseler cemiyetleri dağı -tılıncaya kadar katilleri şer'an helal olur mu?" vâki suale Şeyhülislamdan gelen cevap şu şekilde idi:
"El-cevab: Helaldir. Nass-ı Kur'ân-ı Azîm ile sâbit olmuştur. Hükm-i şer'îdir ve icmâ-ı Sahabe-i Kiram dahi bunun üzerinedir. Kıtâle kâdir olanlar kıtâl ile aciz olanlar Kelam-ı Hak ile ve hayır dua ile def ü fitne vü fesada sa'y etmek vacipdir."