Katharlar ortadan kalkarken Engizisyon dikkatini daha marjinal muhaliflere ve topluluklara yönelmeye başlar. Valdizm tarikatı ile ruhani Fransiskenler katı bir baskıya maruz tutulur, Yahudiler de sık sık çocukların öldürüldüğü ritüeller gerçekleştirdikleri iddiasıyla yargılanır. XV. yüzyılda da siyasal amaçlı Engizisyon davalarına tanık olunur. Ancak XIV. yüzyıl sonuyla XV. yüzyıl başları arasındaki asıl yenilik, Engizisyon savcılarının cadı toplantılarını keşfetmesinde ve cadı avını başlatmasında yatar.