Evlatları taht için birbirini yerken, Fatih'in cesedi adeta çürümeye terk edilmişti. Topkapı Sarayı'nda sıcak mayıs günlerinde elbiseleri içinde bırakıldığı için sultanın cesedi kokmaya başladı. Çevreye o kadar ağır bir koku yayılıyordu ki, doktorlar bile yaklaşmakta zorlanmışlardı. Ceset tamamen çürümeden Baltacılar Kethüdası Kasım ve iki hekim elbiseleri soyduktan sonra iç organlarını çıkarttılar ve daha sonra cesedi ilaçlayarak kefenleyip, defnettiler. Fatih'in kaftanı zamanında üzerinden çıkarılmadığı için vücuduna yapışmıştı. Tahnit sırasında elbise hükümdarın cesedinden kesilerek çıkartılabilmişti.