İslam dünyasına çok daha ciddi bir tehdit doğudan gelmekteydi. 13. yüzyılda Hindistan'dan Suriye'ye kadar Islam topraklarının hepsi Moğol fetihlerinin etkileri altında kaldılar. 7. ve 8. yüzyılın yeni bir dini ve toplumsal düzen getiren Arap fetihlerinin ya da 11. ve 12. yüzyılda Selçukluların mevcut İslami kurumları canlandırmalarının aksine Moğol istilaları, fetih ve yıkımdan başka bir amaç taşımıyordu. Moğollar, İran'ı ve Irak'ı yakıp yıktılar. Ilk istila dalgası 1200'lerde Cengiz Han liderliğinde başladı. Cengiz Han'ın orduları Semerkand ve Buhara gibi önemli ticaret şehirlerini ele geçirdiler ve İran'ın tümünü Moğol hakimiyetine soktular.