İstiklal Mahkemeleri aslen Kurtuluş Savaşı'nda ordudan firar edenleri hızla yargılamak üzere kurulmuştur. 1920 ila 1922 arasında 3.881 ölüm cezasına kararı vermiş, idam hükümlerin den 2.827'si başka cezalara çevrilmişlerdir (Ergün Aybars). Ha fif ceza sayısının 40 bini aştığı belirtilir. Daha ağır kolektif ceza lara da rastlanmıştır; örneğin hanenin yakılması, aileden başka bir erkeğin askere alınması, firarinin bütün köyünün veya sem tinin belli bir para cezası ödemesi gibi. Suç birkaç kere tekrar landığında ölüm cezası ateşli silahla veya alenen idam yoluyla uygulanmaktaydı.