Amasya Genelgesi'ndeki, "Milletin bağımsızlığını yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır" ifadesi, adeta bir başkaldırının açıkça ve kararlılıkla ortaya konulmasıdır. Bu ifadeye, "Merkezi hükümet üstlendiği görevleri yerine getirememektedir" değerlendirmesi ile beraber bakılması halinde durum daha da netleşmektedir. Öyle ki Refet Bey, bunu Anadolu'da yeni bir hükümetin kurulabileceği şeklinde anlamıştır. Ayrıca, Amasya Genelgesi'nin gizli tutulan 6. maddesi ile de Mondros Mütarekesi'ne karşı çıkılmaktaydı Böylece sadece İtilaf Devletleri'ne değil, İstanbul Hükümeti'ne de karşı çıkılıyordu. Bu nedenlerle Amasya Genelgesi, Mustafa Kemal'in düşüncelerini en açık şekilde koyduğu ve Kurtuluş Savaşı'nın kıvılcımını çakan bir belgedir. O anda Mustafa Kemal görevli ve yetkili bir komutandır.