Katharlar ortadan kalkarken Engizisyon dikkatini daha marjinal muhaliflere ve topluluklara yönelmeye başlar. Valdizm tarikatı ile ruhani Fransiskenler katı bir baskıya maruz tutulur, Yahudiler de sık sık çocukların öldürüldüğü ritüeller gerçekleştirdikleri iddiasıyla yargılanır. XV. yüzyılda da siyasal amaçlı Engizisyon davalarına tanık olunur. Ancak XIV. yüzyıl sonuyla XV. yüzyıl başlari arasındaki asıl yenilik, Engizisyon savcılarının cadı toplantılannı keşfetmesinde ve cadı avını başlatmasında yatar.