Isı etkisinde kalabilecek nanoyapılann kararlılığını kuramsal olarak incelemenin en iyi yolu "molekül-dinamiği" simülasyon (benzetişim) bilgisayar yöntemidir. Bu yöntemle nanoyapıların ısıtılınca nasıl davranacakları, ısıya karşı sağlamlıkları ayrıntılı bir şekilde incelenebilir.