İstiklal Mahkemeleri, çalışma yöntemi açısından son derece ilginç ve olağanüstü yetkilerle donatılmış mahkemelerdir. Ayrıcalıklı özelliklerin den en önemlilerini, delile ihtiyaç hissetmeden vicdanen karar verebiliyor olmaları, kararlarının sorgulanmadan derhal uygulanması ve tüm asker ve sivil yöneticilere emir verebilmeleri oluşturur. İzmir suikastı girişimi sonrasında yaşandığı üzere, Başbakan İsmet İnönü'yü tutuklama kararı bile vermekten tereddüt etmeyen ve kararını uygulayabilen bir iradeye sahip mahkemelerdir. Mahkemelerin emir veremediği ve "rica"sını dik kate aldığı tek kişi Mustafa Kemal'dir. Ankara istiklal Mahkemesinde zabıt katipliği yapmış olan H. Velded Velidedeoğlu'na göre, İstiklal Mahkemeleri "inkılap düşmanlarının" ve Mustafa Kemal'e suikast düzenlemeyi düşünenleri asmış mahkemelerdir. Ancak bir süre sonra milletvekilleri dahi kendileri tarafından yaratılan bu mahkemelerden son derece korkar hale gelirler; çünkü, İstiklal Mahke melerinin birer "tedhiş mahkemelerine" dönüşür174. Mahkemelerin niteliğini göstermesi açısından İsyan Bölgesi İstiklal Mahkemesi üyelerinden Lütfi Müfit'in sözleri oldukça önemlidir: "Bizim muayyen milli gayemiz vardır. Ona varmak için ara sıra kanunun üstüne de çıkarız"175. Mahkemelerin çalışma usulü açısından Avni Doğan'ın anlattıkları ilginçtir. İsyan bölgesindeki Şark İstiklal Mahkemesinde Savcı yardımcılığı görevi yapan Avni Doğan, bu mahkemenin siyasi iradeden bağımsız olmadığını, lüzumlu bulduğunda yasal sınırları hesaba katmadığını dile getiren şeyler açıklar. Doğan, İstiklal Mahkemelerinin "selahiyetlerinin sınırsız" ve aynı zamanda "kontrolsüz" olduğunu, idam kararlarına savcının bir itirazı yoksa hemen uygulandığını belirtir. Doğan'ın açıkladığına göre, mahkeme, sevilmeyen-istenmeyen kişileri suçlamak için yapay deliller de oluşturmaktan çekinmez. Bunun en tipik örneğini Şeyh Sait'in sorgulanması oluşturur. Mahkeme heyeti, Şeyh Sait'ten, cezasını hafifletmek vaadiyle, bazı gazetelerin aleyhinde ifadeler vermesini ister. Bu ise, mahkeme heyetinin sadece yargılama göreviyle yetinmeyip, istediklerini mahkum edebilmek için "tezgahlar" kurduğunun önemli bir delilidir. Doğan, bizzat kendisinin, Ankara'daki bazı "ikinci derece zevattan" sık sık telgraflar aldığını ve yönlendirildiğini de belirtir176.
174 Özgeevren, A. Süreyya, "Şeyh Sait İsyanı'' Dünya Gazetesi, 24-26 Mayıs 1957
175 Doğan, Avni, Kurtuluş, Kuruluş ve Sonrası, İstanbul 1964, s. 173,174
176 Ağaoğlu, Samet, Babamın Arkadaşları, İstanbul 1969 s. 96,97