Empedokles'e göre doğada dört ilk madde ya da kendi deyişiyle "kök" vardır: toprak, hava, ateş ve su.
Doğadaki değişimler bu dört maddenin ayrışması sayesinde gerçekleşmektedir. Çünkü her şey toprak hava, ateş ve sudan meydana gelmiştir, ama karışım oranları farklıdır. Bir çiçek ya da hayvan öldüğünde, dört ana madde birbirinden ayrılmış demektir. Böyle bir değişikliği gözlerimizle görüp izleyebiliriz. Ama bir yandan da toprak ve hava, ateş ve su hiç değişmeden kalır, yer aldıkları karışımlardan hiç etkilenmezler. Yani "her şey" değişiyor demek, doğru değildir. Aslında bir şeyin değiştiği yoktur. Dört değişik maddeyi karıştırıp ayırıyor, sonra yeniden karıştırıyoruz -bütün olup biten bundan ibaret işte.