Atay, Kur'an'daki buyrukların insan doğasına uygunluğunu anlamak için sık sık yaptığı şu ayrımı yineler: Bir Kur'an'ın dini vardır, bir de bilginlerin (ulemanın) dini. Kur'an'ın dini doğa dinidir, ama bilginlerin dini doğa dini değil, kurum ve örgüt dini olduğu için saptırılmış dindir. Kur'an'ın doğa dininin anlamı, insanın doğasına uygun, onu zorlamayan,ona sıkıntı vermeyen hükümler koymasıdır. Bu anlamda , din insan içindir, insan din için değildir.