1804 Haziran'ının sonlarında Humboldt, Fransız firkateyni Favorite ile Birleşik Devletler'den ayrıldı ve ağustosta, otuz beşinci yaş gününden birkaç hafta önce, kahraman gibi karşılandığı Paris'e ulaştı. Beş yıldan fazla bir süredir uzaktaydı ve düzinelerce defter, yüzlerce taslak ve binlerce astoronomik, jeolojik ve meteorolojik gözlemle geri döndü. Yaklaşık 60.000 bitki numunesi, neredeyse 2000'i Avrupalı botanikçiler için yeni olan 6000 tür getirmişti, on sekizinci yüzyılın sonunda neredeyse yaklaşık 6000 bilinen türün olduğu düşünüldüğünde bu şaşırtıcı bir sayıydı.
Humboldt, ne yana baksa yeni ve heyecan verici teorilerle karşılaşıyordu. Jardin des Plantes'teki doğa tarihi müzesinde doğa bilimci Georges Cuvier ve Jean-Baptiste Lamarck'la tanıştı. Cuvier, fosil kemikleri inceleyerek ve onların var olan hayvanlara ait olmadıkları sonucuna vararak tartışmalı soy tükenmesi kavramını bilimsel gerçekliğe dönüştürmüştü ve Lamarck yakın geçmişte evrimsel fikirlere yol veren türlerin kademeli başkalaşımı teorisini geliştirmişti. Meşur astronom ve matematikçi Pierre-Simon Laplace, Humboldt'un kendi düşüncelerini biçimlendirmesine yardımcı olan dünya ve evrenin oluşu hakkında fikirler üzerine çalışıyordu. Paris'teki bilginler bilimsel düşüncenin sınırlarını zorluyordu.
Türlerin kökeni bilimsel camiada kıyameti kopardı. Birçok kişi Darwin'i kâfirlikle suçladı. Son kertede Darwin'in teorisi insanların tüm diğer organizmalarla aynı yaşam ağacının bir parçası olduğu anlamına geliyordu. İngiltere'de basılmasından birkaç ay sonra Oxford'da piskopoz Samuel Wilberforce ve Darwin'in ateşli destekcisi biyolog ve daha sonra Royal Society'nin başkanı olacak olan Thomas Huxley arasında kamuya açık büyük bir tartışma düzenlendi. "Bilimlerin İlerlemesi için Britanya Derneği"nin bir toplantısında Wilberforce provokatif bir şekilde Huxley'e, büyükanne veya büyükbaba tarafından maymundan gelip gelmediğini sormuştu. Huxley, soyunun bir piskopostan gelmesindense maymundan gelmesini tercih edeceğini söyledi. Tartışmalar ihtilaflı, heyecan verici ve radikaldi.