1950 yılında Konya'nın Karapınar İlçesi'nde doğmuştur. İlk ve ortaokulu bu ilçede, liseyi de 1966'da girdiği Ereğli (Konya) ve Kahramanmaraş'ta Maraş Lisesi'nden mezun olarak tamamlamıştır (1969). 1970 yılında kaydolduğu İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Sanat Tarihi Bölümü'nü 1973 yılında tamamlayarak Pekiyi dereceyle mezun olmuştur. Aynı yılın Kasım ayında açılan Doktora adaylığı, 1974 Haziranı’nda da Yeterlilik sınavını kazanarak Doktoraya başlamıştır. Prof. Dr. Oktay Aslanapa yönetiminde yürüttüğü Türk Mimarisinde Figürlü Taş Plastik konulu doktora tezini, 1979 yılında tamamlayarak Edebiyat Doktoru (Dr. Phil) ünvanını almıştır. Kısa dönem askerlik hizmetini 1975 yılı yaz aylarında Kütahya'da Yd. Sb. Öğr. Taburu'nda tamamlayan Gündoğdu, öğrencilik yıllarından itibaren çeşitli kurumlarda memuriyet, İstanbul Atatürk Eğitim Enstitüsü'nde de Sanat Tarihi Öğretmenliği yapmıştır. 1978 yılında Atatürk Üniversitesi, Edebiyat Fakültesi Sanat Tarihi Bölümü'nde önce Asistan, sonra da Dr. Asistan olarak görev yapan Dr. Gündoğdu, Yükseköğretim Yasası’nın çıkmasıyla 1983 yılında aynı bölüme Yardımcı Doçent atanmıştır. 1986 yılında kısa bir süre A.B.D. Michigan Üniversitesi'nde “misafir öğretim üyesi” olarak bulunmuş, bu süre içinde de Türk-İslam Sanatları ve Modern Amerikan Mimarisi konularında araştırmalar yapmıştır. 3 Ekim 1988'de Doçent ünvanını alan Dr. Gündoğdu, Atatürk Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Arkeoloji ve Sanat Tarihi Bölümü'ne Doçent atanmış, 5 Şubat 1994 tarihinde de Atatürk Üniversitesi Yönetim Kurulu'nca Profesörlüğe yükseltilmiştir. Aynı bölümde Öğretim Üyeliği ve Bölüm Başkanlığını sürdürmüş olan Prof. Dr. Hamza Gündoğdu, 21 Aralık 1992 tarihinden 17 eylül 2012’ye kadar da Güzel Sanatlar Enstitüsü Müdürlüğü görevini yürütmüştür. 17 eylül 2012 tarihinde Sakarya Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Sanat Tarihi Bölümü’ne atanan Prof. Dr. Hamza Gündoğdu, aynı Bölümde 25.10.2012 tarihinden itibaren Bölüm Başkanlığı görevini de üstlenmiştir Prof. Dr. Hamza Gündoğdu'nun yayınlanmış 15’İ aşkın kitabı ve 150’yi aşkın araştırma ve makalesi bulunmaktadır. Öğrencilik yıllarından beri çeşitli kazılara katılmış, Doğubayazıt İshak Paşa Sarayı Kazıları’nı yönetmiş ve Hasankeyf Kazısı'nda başkan yardımcısı olarak rol almıştır. Doğu Anadolu'daki birçok il ve ilçedeki eserler üzerinde çalışmalarını sürdürmektedir. Prof. Dr. Hamza Gündoğdu evli olup, ikisi erkek ve biri kız olmak üzere üç çocuk babasıdır. ÇEKÜL Vakfı Erzurum temsilcisi, İstanbul Sanat Tarihçileri Derneği gibi kurum ve derneklerin üyesi olup bunların çalışma faaliyetlerine katılmaktadır.