1941’de Güney Tunus’ta dünyaya geldi. İlkokul öncesinde Kur’an eğitimi aldı. Daha sonra babası tarafından Zeytune Medresesi’ne gönderilen Gannuşi bir süre bu medresede okudu. 1963’te öğrenim için bulunduğu Mısır’dan, Tunus büyükelçiliğinin baskısı dolayısıyla ayrılarak Suriye’ye geçti. Dımeşk (Şam) Üniversitesi’nin Felsefe bölümünü bitirdikten sonra 1968’de yüksek lisans öğrenimi için Paris’e geçti. Ancak bu öğrenimini tamamlayamadan 1969’da Tunus’a döndü. Aynı yıl Abdülfettah Moro’yla birlikte İslâmi Yöneliş Hareketi’ni kurdu. 1981’de kanuni örgütlenme hakkı istediğinden hareketin diğer ileri gelenleriyle birlikte tutuklandı. 1984’te serbest bırakıldıysa da 9 Mart 1987’de tekrar tutuklandı ve ömür boyu hapis cezasına çarptırıldı. Bin Ali’nin ülke yönetimini ele almasından sonraki Ramazan Bayramı’nda (18 Mayıs 1988) serbest bırakıldı. Ancak 1990’da, Bin Ali’nin baskı uygulamalarının artmasından sonra Tunus’u terk etmek zorunda kaldı.