Sıvacı bir baba ile çamaşırcı bir annenin oğlu olarak 21 Haziran 1839’da Rio de Janeiro’da doğdu. Çocukluğunu ve hâliyle öğrenciliğini de zorluklar içinde geçirdi. Bir halk kutlamasında yardım ettiği ve daha sonra dostu olacak Peder Silveira Sarmento’dan Latince öğrendi. On yaşındayken annesini kaybetti. Bu olaydan sonra babası, oğluyla birlikte, São Cristóvão’ya taşındı ve burada tıpkı kendisi gibi bir melez bir kadınla (1854) evlendi. Joaquim’in devam edebileceği tek okul, bir kızlar okuluydu. Babasının yeni eşinin, aynı zamanda okula şekerleme yapmasının yardımıyla bu okula devam etme hakkı kazandı. Geceleri göçmen bir fırıncıdan Fransızca öğrendi. Francisco de Paula Brito’nun sahibi olduğu kitapçıda çalıştı.