Çağatay'ın huzurunda kimse küfür etmeden bir Müslümanın adını söylemeye cesaret edemezdi. Daha sonraki döneme ait bir müellife göre, bir Müslüman'ın idamı hakkında haber getiren herkese Çağatay Han altın bales (yani 500 dinar, yaklaşık 2.000 ruble) veriyordu. Çağatay'ın emriyle 626/1229'da meşhur Müslüman alim Ebu Yakub Yusuf Sekkakî öldürülmüştür. XVI. yüzyılda onun türbesi Tekes'in kıyısında bulunmaktaydı..
Yalnız, Çağatay Han'in en yakınları arasinda aynı zamanda Müslümanlarm bulunduğunu da biliyoruz. Bunların arasinda en etkilisi Kutbe'd-Din Habaş Amid idi. Habaş Amid, genel olarak Moğol tmparatorluğ'u'nda büyük ehemmiyete sahip olan zengin Müslüman tüccar smıfmm mensuplanndan olsa gerek ki, tarihçi Vassaf onun servetim övmektedir. Hatta büyük servet sahibi olan hanedan mensuptan bile, kız alip vererek onunla hısım olmuşlardı151. Moğollar, onu Harezmşah Muhammed'in kızıyla evlendirmişlerdi. Halbuki Harezmşah'ın diğer bir fazı Çağatay ile evliydi152. Ulema smıfuun temsilcileri, Habaş Amid'in idaresinden memnun değillerdi. Ünlü mutasavvıf Seyfe'd-Din Baharzî, her şeye kadir olan bakana yazdığı manzum mektubunda', bilgeliği, hayatlarının kutsallığı ile bilinen ihtiyarlar var iken tecrubesiz delikanlıların tercih edilmesinden, genel olarak dünyevi iktidarın ulema sınıfının işlerine müdahale etmesinden dolayı meydana gelen hoşnutsuzluğunu “saray minber olmaya başladıysa minberin hiç olmaması daha iyidir”diyerek sert bir dille getirmiştir.