Selçuklular Bağdat'a geldiklerinde karşılaştıkları manzara ibretlikti. Bağdat'ı işgal eden Şiî Büveyhîler, Abbasî halifesini tahakkümleri altına almışlardı. Selçuklular, öncelikle Büveyhîleri bertaraf ederek bu duruma son verdiler. Akabinde medreseler açarak kalemle de mücadele etmeye devam ettiler. Çünkü bu topraklar, Gulat-ı Şia adları altında İsmailî, Bâtınî, Dürzi, Nusayrî gibi Ehl-i Sünnet harici fırkaların yoğunlukta olduğu bölgeydi. Bu sebeple Bağdat ve Suriye topraklarında Bâtınî mezheplerle ilmî sahada da mücadele etmek üzere eğitim müessesleri kurmak gerekiyordu.