Ülke içinde örgütlenerek isyan ve ihtilal çıkarmak, ulusal bilinci felce uğratmak, yabancı müdahalesini kolaylaştırmak gibi haince girişimler cemiyetin bu gizli kolu tarafından yönetilmekteydi.
Vilayet-ı Şarkiye Müdafaa-i Hukuk-ı Milliye Cemiyeti'ni meydana getiren asıl sebep ve endişe, Doğu illerinin Ermenistan'a verilmesi ihtimali oluyor.
Bu ihtimalin gerçekleşmesinin de Doğu illeri nüfusunda Ermenilerin çoğunluk olarak gösterilmesine ve tarihi haklar yönünden öncelikli kabul ettirilmesine çalışanların, bilimsel ve tarihsel belgelerle dünya kamuoyunu aldatmayı başarması ve bir de Müslüman halkın Ermenileri topluca öldüren barbarlar olduğu iftirasının gerçek kabul edilmesi durumunda olabileceği düşüncesi egemen oluyor.
Erzurum şubesi, Doğu illerinde Türk'ün haklarını korumakla beraber, zorunlu Ermeni göçü sırasında yapılan kötü davranışlarda halkın kesinlikle ilgisi bulunmadığını, Ermeni mallarının Rus işgaline kadar korunduğunu, buna karşılık Müslümanların pek acımasızca hareketlerle karşılaştığını ve hatta buyruğa aykırı olarak zorunlu göçten alıkonulan bazı Ermenilerin kendilerini koruyanlara karşı reva gördükleri kötülükleri, sağlam belgelerle uygarlık dünyasında duyurmaya ve Doğu illerine yöneltilen hırslı bakışları hükümsüz bırakmak için çalışmaya karar veriyor.