Algernon'a Çiçekler, zihinsel engelli olan Charlie Gordon'un zeki bir insana dönüşmek uğruna yaşadıklarını anlatıyor bizlere. Geçirdiği ameliyatın tüm tehlikeleri ve bilinmezliklerine rağmen "normal bir insan" olabileceğinin düşüncesi hemen ikna ediyor onu. Çocukluğunun puslu hatıraları ameliyat sonrasında yavaş yavaş netleşmeye başlıyor. Bugünkü davranışlarının nedenlerini, normal algıladığı davranışların aslında nasıl olduğunu, çevresindekilerin gerçek yüzlerini görmeye başlıyor. Dünyadaki en zeki insan olmaya yaklaşmışken zeki olmadan önceki haliyle insanların onu daha çok sevdiğini düşünmeye başlıyor. Sanki zekası arttıkça sevdiği insanlarla arasına kilometrelerce mesafe giriyor. Kitap da tam bu noktada insanın aklına şu soruyu getiriyor: İnsan gerçekten anlaşılmadığı yerde mi yalnızlaşır, yoksa fazla şey görmeye başladığında mı?
Charlie’nin değişimi boyunca en etkileyici şeylerden biri de günlüklerinin diliydi bence. Kitabın başında yazım hatalarıyla dolu, çocukça görünen cümleler zamanla karmaşık düşüncelerle dolmaya başlıyor. Öğrenmesi gereken şeylerin çokluğu onu heyecanlandırırken geçirdiği değişimin boyutu da heyecanını artırıyor. Ama bu değişim yalnızca zekânın gelişimini değil, Charlie’nin kaybettiği saflığı da hissettiriyor. Başlarda dünyaya daha basit ama daha sıcak bir yerden bakarken, zamanla her şeyin ağırlığını fark etmeye başlıyor.
Ayrıca deney hayvanı olan ve kendisiyle aynı yollardan geçen fare Algernon'u her gün gözlemlemeye çalışıyor. Başlarda zekasıyla kendine bir rakip olarak gördüğü bu fare, zamanla onun için bir yoldaş oluyor. Belki de onu kaybettiğinde bir parçasını kaybetmiş gibi hissetmesinin bir nedeni de onda kendisini, kendi geleceğini görüyor olmasıydı. Başına gelecekleri onda gözlemledikçe geldiği zeka düzeyiyle yapabilecekleri ve