Medreselerden yetişenlerin hem halkın dini ihtiyaçlarını hem de kadılık yaparken dünyevi ihtiyaçlarını karşılaşmaları sebebiyle halkla yakın ilişkide bulunmalarından dolayı bu müesseselerde yapılabilecek bir düzenlemenin karışıklığa vesile olmasından korkulmuştu. Bunun için medresenin karşısına Batılı eğitim sistemine göre kurulmuş mektepler çıkarılarak zaman içinde etkisizleştirme yoluna gidildi.
Gerçekten medrese derslerinde XVI. asırda okunan bir kitabın XIX. asırda da okunduğu bilindiğine göre, gerileme kavramı, yeniliklere kapalı kalarak mevcut sistemi koruma şeklinde anlaşılmalıdır. Çünkü sayıları hızla artan mektepler karşısında tamamen dini ilimlere yönelen medrese nesli zamanın getirdiği ilerlemelerden mahrum kaldığından geriye düşmüştür. Ancak medrese uleması arasında din ve ilim arasında bir çatışma görmeyerek yeni teknikleri kolaylıkla benimseyenler de görülmüştür. Onlar modern bilime değil, Batı'dan gelen materyalist düşünceye sahip Osmanlı aydınlarının zihniyetine karşı çıkmışlardır.
Bu nevi yaygın görüşlere rağmen, medreselerin XVI. asır sonlarından itibaren akli ilimlerin terki sebebiyle gerilediği düşüncesi, bazı Batılı müelliflerin gözlemleriyle ters düşmektedir.
Medreselerin diğer gerileme sebepleri arasında, çocuk yaştaki ulema evladına kadar liyakati olmayan kimselere müderrislik verilmesi ve derslerin eski ciddiyette yapılmaması gibi hususlar da sayılmıştır. Bu konudaki görüşleri tartışmadan kabul eden meşhur şairimiz Yahya Kemal'e göre; fikir ve tahlilin asıl yoğrulduğu yer medrese olduğu için, ilim orada durgun bir su olunca, terbiye etmeye çalıştığı milletin diğer muhitlerinde elbette bir fırtına olmayacaktı.
Böylelikle görünüşte mekteplilere daha fazla ehemmiyet verilse de, medreseden yetişen neslin devlet hizmetinde istihdam edilmesi geleneğinin eski devirlerde olduğu gibi devam ettiği ortaya çıkmaktadır.