Bağdat Paktı'nda askeri istihbarat işbirliği, gerek ülkeler arasındaki anlaşmazlıklar gerekse de her ülkenin paktı kendi hesabı doğrultusunda kullanmak istemesinden ötürü çok zor ve yavaş gerçekleşiyordu. İngiliz Genelkurmayı ise bu yavaş temponun askeri işbirliğinin etkinliğini azaltmasından memnundu; zira ayrıntılı operasyon planları yapıldığı takdirde İngiltere'nin bölgedeki gerçek gücü ve sahip olduğu kapasitenin üye ülkelerce öğrenilecekti. Londra bu bilgileri bölgedeki müttefikleri ile paylaşmak istemiyordu. Bunun iki sebebi vardı. İlki, İngilizler'in gücü ve kapasitesine dair belirsizliğin üye ülkelerin daha güçlü olarak görebileceği Amerika'ya yaklaşmalarının önünde bir engel olmasıydı. İkincisi ise, bölgede etkin bir işbirliği mekanizması kurulması Türkiye'nin Orta Doğu'da etkisinin artması anlamına gelecekti. İngiltere bunu istemiyordu. Paktı çevreleyen bu belirsizlik ve anlaşmazlık, etkili bir işbirliğini zorlaştırıyordu.
Paktın askeri kanadı, bir savaş oyunu ya da tatbikat planı hazırlamak istediğinde, üye ülkeler lojistik hatlarını, donanma ve hava kuvvetlerinin konuşlandığı pozisyonları bile paylaşmak istemiyorlardı. Hatta pakt üyeleri, doğrudan Sovyetler Birliği'ni hedef alan bir savaş çalışması yapmaya bile çekiniyorlar; daha ziyade "küresel olmayan savaş" adı altında Afganistan, Kürtler ve Çin'in Sincan bölgesini ele alan yerel tehditlere odaklanıyorlardı. Bu çalışmalarda bile anlaşmazlık üst safhaya çıkıyor, İran ve Türkiye, Afganistan'ın savaş çalışmalarının hedeflerinden biri olmasını istemiyorlardı. Pakistan ise Hindistan'ı hedef göstermeyen hiçbir çalışmaya katılmayacağını belirtiyordu. Bu konuda İngiltere asla taviz vermiyordu. Bu nedenle paktın askeri ve istihbarat yönü etkisiz ve zayıf kaldı. Tek istisna, nükleer savaş halinde İngiliz Kraliyet