Bütün bunlar, Grek düşün tarihinde iki bakımdan çığır açacak olan Xenophanes için de söz konusudur. Önce, deyim yerindeyse "aydınlanma"nın öncüsü olarak nomos'a (geleneklere, örflere) karşı, böylelikle de Grek sporcularının yüceltilmesine, mistisizme ve kehanete karşı ve de genel olarak mitler dünyasına, özellikle de halkının insan biçimli çoktanrıcılığına, bir Homeros ile bir Hesiodos'un tanrılar dünyasına karşı çıkacaktır. Destan rapsodu olarak yakından tanıdığı bu ikisini özellikle hiç hoş görmüyordu. İşte bu noktada ilk defa bağımsız bir dehanın, Homeros'çu neşeli-naif tanrılar dünyasına ve de Hesiodos'u meşgul eden Grek ilk çağının karanlık mitlerine karşı sert tepkisini görürüz. Ama Xenophanes bununla yetinmez. Geniş etnolojik bilgileri, bir ulusun tanrılarının bu ulusun sadece kendi özünün yansısından başka bir şey olmadığını anlama olanağını sağlamıştır kendisine, ve buradan da hiç çekinmeden, ulusların tanrı hakkındaki görüşlerinin onların çocuksu fantezilerinden doğan insan biçimli bir yapı olduğu sonucunu çıkarmıştır. Bunun üzerine güçlü ahlaksal bir duygulanıma kapılarak özellikle halkının, klasik biçimiyle Homeros destanlarında görülen, insan biçimli çoktanncılığını reddetmiştir.
Alkmaion üstelik düşünmenin, yani manevi yaşamın maddi temelinin beyin olduğunu da keşfetmiştir. Ve bütün bu araştırmalara bağlı olarak insanla hayvan arasındaki temel farkı da saptamıştır; ki bunu yaparken ilk kez algı ile düşünmeyi birbirinden ilkesel olarak ayırmıştır.
Daha M.Ö. 6. Yüzyılda Grek tıbbı, özellikle cerrahi sporcular kenti Kroton'da, Herodotos'un hekim Demokedes hakkında anlattıklarının da belgelediği gibi, şaşkınlık uyandıran bir gelişme göstermiştir. Alkmaion hayvanlar üzerinde yaptığı otopsilere dayanarak önemli bir keşifte bulunmuştur. Anatomi araştırmaları sırasında duyu organlarından sinirlerin çıktığını ve beynin belirli bölgelerine gittiğini görmüş ve böylece beynin duyusal algıların merkezi organı olduğunu ortaya çıkarmıştır. Özellikle görme sürecini açıklamasıyla ilgiyi çeken kapsamlı bir duyu fizyolojisi bile tasarlamıştır (ki bu, bilinen en eski denemedir). Alkmaion gözün saydam kısmını, dış nesneleri yansıtan ve bunların "görüntülerini ışık getiren yoldan"(yani görme sinirlerinden) beyine aktaran bir çeşit ayna diye kabul etmiştir.
Eski Ionyalılar -ayrıca Pythagoras büyük bir olasılıkla Anaximandros'un felsefesini tanıyordu ve ondan etkilenmişti- evrensel ilkeyi maddede bulmuş, maddeyi hareket ettiren ve geliştiren gücü henüz ondan ayırt etmemişken, Pythagoras ilk defa, ama kesinkes Anaximandros'un "geometrik" evren imgesinin etkisiyle, maddeyi hareket ettiren ya da düzenleyen ve geliştiren biçimi, yani matematiksel sayıyı bütünüyle esas olan evrensel ilke diye kabul etmiştir. Bununla evreni açıklamak için, titiz biçimde kuralları izleyen, gerçi şeylere içkin, ama tamamen madde dışı olan bir ilke bulunmuş oluyordu; bu ilke aynı zamanda çeşitli alanlara -örneğin müzikte uyum ve de genel olarak fiziksel ses öğretisine, evrendoğuma, hatta etike- verimli bir şekilde uygulanma yetisine sahipti.