Fakat kimi mikroorganizmalar bizi kanserden korur, hatta bazıları kanser tedavisi amacıyla kullanılmıştır. Mikroorganizmalar ve mikrobiyal ürünler, yüz yılı aşkın süredir kanser tedavisinde kullanılageldi, hâlâ da bunlardan yararlanılıyor. Örneğin doktorlar, mesane kanserinin tedavisinde Mycobacterium bovis BCG'yi kullanıyor." Mikroorganizmalar ve ürünleri, bağışıklık sistemini etkinleştirmek, hücre ölümünü tetiklemek, yeni kan damarı oluşumunu engellemek gibi pek çok yolla kanser tedavisine yardımcı oluyor. Mikroorganizmalar, kanser tedavilerinin başarısını da etkileyebilir; deney bulgularına göre ortak yaşar mikrobiyomları bozulmamış olan fareler, antibiyotik verilmiş farelere kıyasla tedavilere daha iyi yanıt veriyor.