Ortalama insan mikrobiyomu modern hijyenin ortaya çıkışından sonra değişmiş olabilir, zira günümüzde, türümüzün yüzyıllar önce maruz kalmaya alışık olduğu mikropların çok daha azına maruz kalıyor olabiliriz. Örneğin, evremizde eskisine oranla daha az mikrop olduğu için sahip olduğumuz düzenleyici T hücrelerinin sayısı azalmış olabilir. Daha az düzenleyici T hücresine sahip olmak, bağışıklık sistemi üzerinde daha az kısıtlama anlamına gelir. Bunun da gıda alerjisi dahil her türlü alerji ve otoimmün hastalıkların artmasıyla bir ilişkisi olabilir. Hijyen hipotezi, modern hijyen standartlarının sağlığımız için olumsuz olduğunu ima etmez tabii ki. Bu standartlar her şeyden önce bulaşıcı hastalıklarda önemli düşüş kaydedilmesini sağladı ve hiçbir uzman yavşamasını sağladığımız, hatta tamamen yok ettiğimiz enfeksiyonların veya parazitlerin tekrar hayatımıza girmesinin iyi olacağını düşünmez.