1965’te Kahramanmaraş’ta doğdu. 1988 yılında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nden mezun oldu. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Psikiyatri Bölümünde 1996’da doçent, 2002 yılında profesör oldu. 2001-2002 arasında Chicago’da Rush University Medical Center’da Sleep Disorders Service’de visiting professor olarak çalıştı. Sleep and Hypnosis Dergisi’nin editörlüğünü yürüten Ağargün, halen İstanbul Medipol Hastanesi’nde çalışmaktadır.