1966 yılında Kırıkkale'de dünyaya geldi. Aslen Çorum'un Alaca ilçesine bağlı İsmailli Köyü'ndendir. İlk Kur'an eğitimini, imam olan babası merhum Abdülkadir Hocaefendi’den aldı.
İlkokul ve ortaokul eğitimini tamamladıktan sonra imam-hatip lisesine kaydoldu. Lise eğitimi devam ettiği sırada Kur'an-ı Kerim ve Arapça eğitimi almak amacıyla İstanbul'a gitti. İstanbul’dan döndükten sonra imam-hatip lisesindeki eğitimini tamamladıktan sonra Konya Selçuk Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'ne girdi.
İlahiyat eğitiminin ardından, Din Kültürü ve Ahlâk Bilgisi öğretmeni olarak Rize'nin Çayeli ilçesine bağlı Karaağaç Köyü İlköğretim Okulu'na atandı. Burada üç yıl öğretmenlik ve iki yıl süreyle müdür vekilliği görevinde bulundu. Daha sonra tayin isteyerek Çorum-Sungurlu İmam Hatip Lisesi'nde meslek dersleri öğretmeni olarak göreve başladı. 1995 yılında başladığı bu görevde 10 yıl süreyle hizmet verdi.
İlâhiyat fakültesi tahsil yıllarında büyük mutasavvıf Kâdirî, Nakşî, Nakşî-Müceddidî tarikatı şeyhi Abdullah Fârûkî el-Müceddidî Hazretleri'ne intisab etti ve seyr ü sülükunu tamamladı. Mürşidi Abdullah Fârûkî el-Müceddidî (k.s.) Hazretleri daha hayattayken kendisinden sonra Fârûkiyye yolundaki müridlerin irşâd, terbiye ve teslîk vazifesinin Muzaffer Yalçın Efendi tarafından devam ettirileceğini cemm-i gafir içerisinde açıkça beyan etti.
Abdullah Fârûkî el-Müceddidi (k.s.) Hazretlerinin 11 Aralık 1999'da vefatının ardından Farukiye Vakfı Genel Başkanlığı görevini üstlendi. 2005 yılında öğretmenlik görevinden istifa ederek tamamen vakıf faaliyetlerine yöneldi. Farukiye Vakfı bünyesinde yurt içi ve yurt dışında din ve eğitim alanında pek çok faaliyete öncülük etti. Türkiye'nin çeşitli illerinde dernekler kurarak eğitim faaliyetlerinin yaygınlaşmasına katkı sağladı.
Aynı zamanda bizzat kuruluşuna kendisinin öncülük ettiği "Özlenen Rehber" dergisinde uzun süre başyazarlık yapan Muzaffer Yalçın Hocaefendi, İslami ilimlerin farklı alanlarına dair çeşitli eserlerin Türkçe'ye kazandırılmasına öncülük etti. Yurt içi ve yurt dışında çeşitli konferanslar düzenleyerek İslami meseleler üzerine konuşmalar yaptı. Bu vesileyle birçok şehirde ilim erbabıyla ilmî istişarelerde bulundu.
Müslüman toplumların içinde bulundukları sorunlara çözüm aramak ve İslami kardeşlik bilinciyle yardımlaşmayı artırmak amacıyla çeşitli faaliyetlerde bulundu. Yine aynı gayeye matuf olarak Saye Derneği'ni kurdu. Kendisinin özen ve gayretleriyle temelleri atılan dernek ve vakıf çalışmaları, Amerika, Almanya, Mısır ve Azerbaycan başta olmak üzere birçok ülkede eğitim ve hizmet faaliyetlerini sürdürmeye devam etmektedir. Ankara'da ikâmet eden Muzaffer Yalçın Hocaefendi evli ve üç çocuk babasıdır.
Muzaffer Yalçın Hocaefendi gayesini şöyle özetler:
"Gayemiz, kadın olsun erkek olsun ümmetin her ferdiyle, Hz. Peygamber'den (s.a.v.) bize gelen dini, yine O'ndan gelen asıl üzere yaşayabilmek ve bunu engelleyen dünyevî ve nefsânî ihtilaflara ve bunların yayılmasına karşı mücadele etmektir.