Hayreddin Paşa bundan sonra daha çok İstanbul'da tersane işleri ile uğraştı. 5 Temmuz 1546 (6 Cemâziyelevvel 953)'da kısa bir hastalığı müteakip vefât etti. Sağlığında Beşiktaş'ta yaptırdığı türbesinin yanına defnedildi. Vefâtına "Mâte reîsü'l-bahr (953/1546)" (Denizin reîsi vefat etti) sözü târih düşülmüştür.
Ya İlâhî!
Okuyanı, dinleyeni, yazanı
Rahmetinle yarliğâ kıl ya Ganî...