Rauf Orbay ve Kazım Karabekir'in Cumhuriyet'in ilanı ve Hilafetin kaldırılması gibi reformların kendilerine danışılmadan, bir tür oldubittiyle yapılmasına yönelik itirazları vardır. Mustafa Kemal Paşa kadar radikal reformcu da değillerdir. Cumhuriyet'in ilanından sonra 4 ay kadar daha varlığını sürdüren Halifelik kurumunu, Reisicumhur Mustafa Kemal'in gücünü dengeleyebilecek bir odak olarak görüyorlardı. 3 Mart 1924'te bu kurum da kaldırılınca, Mustafa Kemal'den tamamen uzaklaştılar.
Mustafa Kemal Paşa'nın en önemli özelliği üç farklı dönemde üç farklı kadro ile çalışmış olmasıdır. O'nun Milli Mücadele'yi gerçekleştirdiği kadro, inkılapları gerçekleştirdiği kadro, Dolmabahçe Sarayı'ndaki kadro farklı farklı isimlerden oluşmaktaydı.
Erzurum'da bulunan Kazım Karabekir Paşa ise anılarında Ankara merkezli gerçekleştirilen hareketlerin kendisine danışılmadan yapılmasından rahatsızdır ve sistemin dışına itildiğini düşünmektedir. Bu problemler Sivas Kongresi sırasında, Heyet-i Temsiliye'nin aldığı kararların uygulanmasında yaşanmaya başlanmış ve Hilafetin kaldırılmasıyla zirveye ulaşmıştır.
Mahkemelerin gücünü göstermesi açısından, “Türkiye Büyük Millet Meclisi İstiklâl Mahkemesi Mücahedesinde yalnız Allahtan korkar” tabelası her zaman kürsünün üstünde yer alırdı.