Yukarıda İstimat Zihni'nin kaleme aldığı yazıdan da anlaşılacağı üzere Türk Ortodokslar, mübadele sözleşmesinin imzalanacağı günlerde mübadelenin kendilerini de kapsayıp kapsayacağı endişesi yanında Türk hükümetinin de böyle bir uygulama yolunu seçmeyeceğine dair şüphe olmadığını da dile getirmekteydiler. Ancak, onların bu ümitleri ne yazık ki boşa çıkacaktır. Çünkü, her ne kadar Lozan' da Türkçe konuşan veya Türk Ortodoks olarak adlandırılan bu insanların Anadolu' da kalabileceği ihtimali üzerinde durulmuşsa da, uygulamada bu gerçekleşmemiş ve milliyetten ziyade dinin esas alındığı bir antlaşma gereği, kendilerinin ırken Türk olduklarını her fırsatta dile getiren ve Milli Mücadele boyunca Ankara hükümetine destek vererek Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi başta olmak üzere Anadolu üzerinde hak iddia eden tüm müttefik devletlere karşı mücadele etmeyi tercih eden Türk Ortodoksları da mübadeleye tabi tutularak İstimat Zihni'nin de belirttiği gibi " ... ana toprakları( ndan) başka ... külliyen yabancı ve ahlak ve (adetlerine) lisan(larına) gayri muvafık muhitlerde" yaşamak üzere Yunanistan'a gönderilmişlerdir