Psikiyatri ile politik angajman arasındaki kılcal ilişkiler yoluyla Fanon Cezayirlilerin bağımsızlık mücadelesine katılır. 1956 yılı sonunda psikiyatri doktoru görevinden istifa eder ve sömürge genel valisi Robert Lacoste’a yazdığı açık bir mektupta insanları ne pahasına olursa olsun zihinsel rahatsızlıklarından kurtarmanın kendisi için imkansız olduğunu, “ hukuksuzluğun, eşitsizliğin ve inayet’in yasama ilkesi haline getirildiği, kendi ülkesinde sürekli akıl hastası olan yerlinin kişisizleştirme içinde yaşadığı bir ülkede bu insanları yerli yerine yerleştirmenin” elinden gelemeyeceğini belirtir. Fanon Cezayir’den sürülür.