Fakat MÖ. 497 de Persler savaş hazırlıklarını bitirdikten ve ordularını harekete geçirdikten sonra durum değişti. Persler ilk önce Kıbrıs'taki Yunan şehirlerinin üzerine yürüdüler, Salamis açıklarında İyon donanmasının Pers donanmasına karşı büyük bir zafer kazanmasına rağmen, bu şehirleri birer birer ele geçirdiler. Bundan sonra Pers orduları Anadolu'ya geçerek Marmara bölgesi ve Aiolya'yı İyonya'dan ayırmayı başardılar (497/96). 496/94 yılları olaylarına dair hemen hemen hiç bilgimiz yoktur. Bu yıllarda aralarındaki bağlantıyı bile kaybeden İyon şehirlerinin, Perslerle kahramanca dövüşmelerine rağmen, günden güne daha fena bir duruma düştükleri, birer birer Persler tarafından fethedildikleri, Aristagoras'ın ise ümitsizliğe düşerek Trakya'daki çiftliğine kaçtığı ve orada Edon'lara karşı savaşırken öldüğü anlaşılıyor.