Maniciler, iyiliğin, insanın içindeki ruhtan geldiğine inandılar. Kötülük ise tüm zaafları, arzuları ve yoldan çıkartan eğilimleriyle bedenden gelmekteydi. Bu da kimi zaman insanların neden kötülük yapmaya sürüklendiğini açıklıyordu. Kötülük problemi Maniciler için büyük bir problem değildi çünkü onlar Tanrının
gerçekliği her yönüyle kontrol edecek kadar güçlü olduğu fikrini kabul etmiyorlardı. Tanrı her şey üzerinde güç sahibi değilse, o
zaman kötülüğün varlığından da sorumlu değildi, ne de kötülüğü engellemekte başarısız olduğu için suçlanabilirdi. Maniciler, katilin eylemlerini, ondaki karanlık güçlerin onu kötülüğe
sürüklediğini söyleyerek açıklarlardı. Bu güçler kişinin içinde öylesine etkiliydi ki, ışığın güçleri onları mağlup edemezdi.