Din kurumu ile devlet arasında hiçbir ayrım tanımayan Osmanlı İmparatorluğu teokrasi olarak kaldı. Sultanın kulları, onun despotik otoritesinin ilahl olduğuna inanıyorlardı. Kadıları, ilahiyatçıları ve müderrisleri kapsayan İslam din hiyerarşisi, imparatorluk idaresine görevliler yetiştiriyordu. Şeyhülhislam, sultanın buyruklarına karşı çıkmak için baş yorumlayıcısı olduğu dinsel hukuka ara sıra başvururdu; ama sultanın siyasal otoritesi mutlak olmaya devam etti.
Osmanlı İmparatorluğu'nun genişlemesi, kâfirlere yani Müslüman olmayanlara karşı "Kutsal Savaş" kavramına dayandırılmıştı. Osmanlılar 1453'te Bizans Imparatorluğu'nu yıkıp Istanbul'u fethettiklerinde, Ortodoks Kilisesi'nin vee Hristiyan cemaatlerin kaynaklarının çoğuna el koydular. Osmanlılar, savaş tutsaklarını köle yaptılar, dışarıdan köle satın aldılar ve imparatorluğun Hristiyan tebaasına köle vergileri saldılar. Birçok Hristiyan çocuğu devşirilip, memur ya da asker olarak eğitildi ve Müslüman yapıldı. Omparatorluk, köle olmayan Hristiyanların katkılarına da muhtaçtı; Osmanlı kadırgalarının Akdeniz'e korku salmasını sağlayan hünerli Yunan denizciler bunlardandı. Bazıları da barış zamanında kolluk görevleriyle yükümlü bir askerî güç olan "Yeniçeri" piyadelerine katıldılar.
Yine de Osmanlı İmparatorluğu dinsel farklılığa hoşgörü gösterdi. Müslüman olmayanlar, Osmanlı otoritesine karşı gelmedikleri sürece, dinlerini yaşamakta ve imparatorluğun memuru olmakta özgürdüler. Arnavutluk'ta (din değiştirme yalnızca burada zorla yaptırılmış görünüyordu), Bosna'da ve Hersek'te bazı soylular dâhil birçok kişi Müslümanlığı benimsedi. Osmanlı filolarınca yakalanan genç Hristiyanlar, hayatlarını kadırgalara zincirlenmiş köleler olarak geçirmekten kaçmak için Müslümanlığı benimseyebiliyorlardı.Buna karşılık, Hristiyan