Memlûklülerin tahttan indirilmesi, Kahire sokaklarında düzenin yeniden sağlanması ve ticaretin yeniden akmaya başlamasıyla Sultan Selim, yeni fethettiği geniş toprakların yönetimini organize etmek için hummalı bir çalışmaya girişti. Savaş başka şeydi, yönetim başka şey. Selim hayatı boyunca her ikisinde çok başarılı oldu, Trabzon'da ve daha yakın zamanda Suriye'de öğrendiklerini şimdi Mısır'a uyguluyordu: uzun süredir devam eden mülk sahiplerini tanıdı, pazar müfettişlerinin ve diğer hayati önemdeki yeni yetkililerin atamasını yaptı, vergi oranlarını aynı tuttu. Kuzey Afrika'nın Libya, Tunus ve Cezayir eyaletlerinde Sultan Selim, Osmanlı İmparatorluğu'na bağlılıkları karşılığında, görevde olan valileri tanıdı... Suriye, Mısır, Kuzey Afrika ve Hicaz'da Sultan Selim, mevcut durumu korumayı hedefleyen sabit Osmanlı taktiğini uygulayarak, yönetilenlerin yeni rejimi kabul etmesini kolay ve makul bir hâle getirdi.