Bilimsel yöntemin ne olduğuna dair bilge kitaplarda üç aşamalı bir süreçten bahsedilir. Bilim insanı ilk önce kimi olguları bir araya getirir. Sonrasında bu olguları anlamlı kılacak bir hipotez sunar. Hipotez aynı zamanda bir araya getirilebilecek başka olgulara dair de varsayımlarda bulunur ki bilim insanı varsayımlarını test eder. Eğer başarılı olursa hipotez geçerli sayılır; doğruluğu kanıtlanmamıştır henüz, çünkü bir hipotezin doğru olduğunu kanıtlayamazsınız, ancak bu onun terk edilmesi gerektiği anlamına da gelmez. Eğer hipotez başarısız olursa ve hipotezin tam zıttı olgularla karşılaşılırsa o zaman hipotezin yanlış olduğu ortaya çıkacaktır; hipotez terk edilecek ve özenli bilim insanı olgulara daha iyi uyacak bir hipotez aramaya başlayacaktır. Olması gereken budur, ancak gerçek hayatta hiçbir şey bu kadar basit değildir. Bilim insanları da insandır ve onların da herkes gibi umutları, inançları ve tutkuları vardır. Kimi zamanlarda bu umut, inanç ve tutkular, aynı zamanda da korkular, hipotezler ve onların test edilmesi süreçlerinde işe karışır. Bu nedenle bilimin gerçek gelişimi bilginin daha üst düzeylerine tırmanılan düz bir süreç değil, inançların yenilgiye uğratıldığı bir dönüşüm sürecidir.