En ufak direniş bile yeni düzen açısından tehdit olarak görülüyordu ve zaten kısıtlanmış olan siyasi haklar daha da budanarak, basın, ifade ve eylem özgürlükleri ciddi bir biçimde kısıtlanıyordu.
Tüm bu bilimsel tavır, tabii olarak her türlü dogmatizme, her türlü taassuba cephe alacaktı.
Gerçekten de öyle olmuştur. Bizzat kendi fikirlerinin bile doktrinleştirilmesine şiddetle karşıydı:
Bunun nedeni, her düşünce sisteminin gelişmeye ihtiyacı olduğunu bilmesi, nihaî gerçeği bulduğunu iddia eden her sistemin yalan üzerine kurulmuş olduğunu görmesindendi.
Atatürk bir bilim adamı hassasiyetiyle yeni buluşlarını kaydediyor, onları gelecek nesillere mal etmek istiyor. Bu uygar, yazılı kültür insanının arkadaşları ne yazık ki henüz pek şarklıydılar.
Örneğin "akıllı tasarımcı" teziyle, peri masallarımın veya aldığı esrar etkisiyle hayaller gören bir müptelânın sayıklamalarının doğruluk dereceleri arasında hiçbir fark yoktur, zira ne biri ne de digeri gözlemle yanlışlanabilir. Hiç kimse geçmişte filleri kaldırabilen Zümrüd-ü Anka kuşunun yaşamadığını ispat edemeyeceği gibi, Hasan Sabbah'ın katil müritlerine afyon içirterek "gösterdiği" cennetlerin olmadığını da belgeleyemez.