Roman 1930 sovyetlerinde şeytan’ın 2 arkadaşın sohbetine katılmasıyla başlar. Ve bir dizi olaylar gerçekleştirerek sözde düzeni bozar. İnsanları sınayıp açgözlülük,riyakarlık ve ahlaki çöküşü anlatılır. Şeytan Moskova’ya geldiğinde düzen bozulmaz; aksine, zaten bozuk olan düzen görünür hâle gelir.
Roman da ayrıca usta adında bir yazar ve aşığı margarita vardır. Margarita sevdiği adam için şeytanla anlaşma yapacak kadar cesur ve fedakardır fakat usta korkaktır pontius pilatus ve isa hakkında roman yazdığı için sistem tarafından dışlanır ve depresyona sürüklenip kitabını yakar.
Romanın merkezinde hakikatin parçalanmışlığı vardır. Moskova’da insanlar gerçeği inkâr ederek yaşar; Pilatus gerçeği bilip susar; Usta gerçeği yazdığı için cezalandırılır. Bulgakov’a göre hakikat, çoğu zaman cesaretle değil bedelle yaşanır. Bu nedenle romanda asıl suç kötülük değil, korkaklıktır.
Pilatus anlatısı ise romanın vicdan aynasıdır. Pilatus’un sonsuz azabı, yaptığı kötülükten değil, yapamadığı iyilikten kaynaklanır. Kitap Moskova’daki korku kültürünün tarihsel ve evrensel bir karşılığıdır. Bulgakov, baskının yalnızca Sovyet rejimine değil, insan doğasının zayıflıklarına ait olduğunu ima eder.
Kitabın sonunda usta ve margarita dinginliğe kavuşur ve dünyevi acıları biter.Kitabının “El yazmaları yanmaz” alıntısıyla sanatın yok edilemeyeceğini kitapların yansa bile yok olmayacağını gösterir.
Pilatus vicdanini temizler.
Mutlu sonla değil huzurlu tamamlanmış bir sonla biter..