Balıkesir merkezinin en değerli kültür ve tarihi yapılarından biri olan cami ve külliye adını Fatih Sultan Mehmet’in veziri Zağnos Paşa’dan almaktadır.
Merkezi kubbe ile örtülü olan yapı, kentteki ve yakın çevresindeki en büyük camii olma özelliği taşımaktadır. İhtişamlı görüntüsü ve eski tarihi ile görülmeye değer ünlü bir yapı olan Zağnos Paşa Camii, Mustafa Kemal Atatürk’ün de hutbe okuduğu yer olmasıyla bilinir.
Kare planlı cami, Osmanlı dini yapılarına güzel bir örnek olarak gösterilmektedir. İmparatorluğun mimari tarzını yansıtan pek çok süsleme ve motif, iç ve dış duvarlarda görülebilen önemli detaylardır.
Avlusunda yer alan şadırvan ve türbe, yapıyı önemli kılan diğer unsurlardır. Camiyi gördükten sonra, külliyenin diğer önemli yapılardan olan ve aynı adı taşıyan hamam da ziyaret edilen diğer noktalardandır. İç mimarisi günümüz şartlarına göre dekorasyona tabii tutulmuş olsa da dış cephesi ve duvar bölümleri orijinalliğini korumaktadır.