Ortak köken teorisi, uzun süre yanıtsız kalmış bir doğa tarihi bilmecesini çözmüştü. Yaşamın geniş çeşitliliği ile belli organizma gruplarının genellikle aynı karakterleri paylaştığına dair gözlem arasında temel bir çelişki olduğu görünmekteydi. Nitekim kurbağalar, yılanlar, kuşlar ve memelilerin temel anatomisi çok farklı görünmesine rağmen omurgalı sınıfları çok benzerler ama bir sinekten tamamen farklıdırlar. Ortak köken teorisi, bu şaşırtıcı gözleme cevap sağlamıştır. Belli organizmalar, birçok bakımdan birbirlerinden farklı olmalarına rağmen bir dizi ortak karakteristiği paylaşıyorlarsa, bunun sebebi aynı ortak atadan gelmeleridir. Benzerliklerinin sebebi bu ortak atadan aldıkları kalıtımsal özelliklerdir; bu farkları atalarının yolları ayrıldığından beri edinmişlerdir.