21. yüzyıldaki savaşların da Atatürk ve mirasıyla doğrudan ilgisi vardır. Usame bin Ladin 11 Eylül saldırısının öncesi ve sonrasında ileri sürdüğü tezlerde Müslümanların "seksen yıldan beri" öfke içinde yaşadığından bahsetmişti. Onun seksen yılla kastettiği olay, başta halifelik olmak üzere kalıplaşmış Osmanlı kurumlarının yerini alan Atatürk'ün toplumsal, ekonomik ve siyasi modernleşme programlarıdır. Nüfusun ezici çoğunluğunun Müslüman olduğu cumhuriyet Türkiyesi'nde, Atatürk devlet işlerini Müslüman din adamlarının elinden sistematik biçimde ayırırken ülke şeriatla değil seçimle belirlenen meclisin çıkardığı yasalarla yönetilmeye başlandı. İşte El Kaide Atatürk'ten bu yüzden nefret etmektedir.