Bir MRI taraması mikroskop altında incelendiğinde kadın ve erkek beyinleri arasındaki farklılıklar çok karışık ve dağınık görünür. Örneğin, beynin işitme ve dil merkezlerinde kadınlar erkeklere kıyasla daha fazla nörona sahiptir. Duygu ve hafiza merkezi-hipokampus tıpkı konuşulan dili işlemeye ve başkalarının duygularını gözlemlemeye yönelik beyin devreleri gibi, kadınlarda daha geniştir. Bu, kadınların genel olarak duygularını ifade etmede ve duygusal olayların detaylarını hatırlamada daha iyi oldukları anlamına geliyor. Erkeklerse, aksine, cinsel eğilimler, saldırganlik ve eylemlerle ilgili beyin işlevlerini idare eden bölümlerde kadınlara kıyasla 2,5 kat daha büyük bir alanı kullanıyorlar. Cinsellikle ilgili düşünceler bir erkeğin beyninden her gün pek çok kez geçerken, bir kadının beyninden yalnızca bir kez geçiyor. En ateşli olduğu günlerde belki üç ya da dört kez.
Bu temel yapısal farklılıklar algılama farklılıklarını da açıklayabilir. Bir çalışmada, bir erkek ve kadın sıradan bir konuşma yaparken beyin taramaları yapıldı. Erkeğin beyninin cinsellikle ilgili kısımları anında ışıldamaya başladı - erkek durumu potansiyel cinsel bir randevu olarak değerlendiriyordu. Kadın beyninin cinsellikle ilgili bölümlerinde hareketlenme olmadı. Kadın beyni durumu birbiriyle konuşan iki insan olarak değerlendirdi.
Erkekler aynı zamanda beynin korku ve şiddet eğilimlerini kontrol eden en ilkel bölümünün merkezinde de amigdala-daha geniş işlemcilere sahip. Bu nedenle kadınlar kavgadan kaçınmak için her yolu denerken bazı erkekler hiçbir şey yokken bir anda yumruk yumruğa dövüşmeye başlayabiliyorlar. Ama çatışmalardan doğan psikolojik gerilim kadın beyninde daha derinlerdeki bölümlerde işleniyor.