Cumhuriyet ideolojisi açık beyanlarında Diyanet'i kendisi gibi yeni bir kurum ve fikir olarak takdim eder. Fakat toplumda karşılığı olan bir meşruluk sağlayabilmek için onu zimni olarak Şeyhülislâmlıkla bir şekilde ilişkilendirir. Cumhuriyetin tercihlerine sadık akademisyenler, hatta İlahiyatçılar ve Diyanet mensupları da bunu yaparlar.