Metodolojik ateizm' ya da 'metodolojik natüralizm' gibi kavramların tehlikesi onların ateist bir dünya görüşünü destekliyor gibi görülebilmeleri ve bilimin başarısının ateizmle bir alakası olduğu izlenimi uyandırmalarıdır. Oysaki böyle bir ilişki yoktur.
Bu hususu daha net görebilmek için, sadece literatürde 'metodolojik ateizm' yerine 'metodolojik teizm' tabiri kullanılsaydı ne olabilirdi bir hayal edin.
Bu her şeyi temelden sarsardı ve bilimin başarısında Tanrı'ya inancın da bir katkısı olduğu şeklinde bir intiba bırakırdı.