Aptallar Gemisi bir grup insanın daha doğrusu işe yaramaz, tembel, açgözlü bir grubun tekneyle uzaklaşmasıni resmediyor.Kırık dallardan bir dümen, dümende bir soytarı, şarkı söyleyen bir keşiş ve rahibe, masadaki kirazlar şehvet sembolu, kendi zevklerine dalmış bir grup insan "Asla yol alamayacak" bir gemide ama farkında bile değiller."Asla yol alamayacak bir gemi" bu metafor, eserin kalbini oluşturur. Bosch, Sebastian Brant’ın 1494 tarihli ünlü hiciv şiiri Das Narrenschiff (Aptallar Gemisi) ile neredeyse aynı dönemde bu temayı işlemiştir.
Merkezde karşılıklı oturan Fransisken keşişi ve lavta çalan rahibe, kilisenin ahlaki çöküşünü simgeler. Hristiyan teolojisinde "Kilise" (Navis Ecclesiae), ruhları kurtuluş limanına taşıyan kutsal bir gemi olarak sembolize edilir. Bosch, bu kutsal gemiyi bir aptallar teknesine dönüştürerek dönemin dini otoritesine sert bir eleştiri yöneltir.Dümen yerine kullanılan kırık dal ve ağacın tepesinde, insan kalabalığına arkasını dönmüş içki içen soytarı aklın ve rehberliğin tamamen terk edildiğini gösterir.